日本的特定功能医院，其实就是类似国内三甲级别的医院，多为大学医学院体系下的附属医院，公立性质较多。

日本厚生劳动省（Ministry of Health, Labour and Welfare）即日本政府的健康、劳动和国民福利部门，是日本医疗体系的主管机构，对于特定功能医院有明确的资质要求（原文），例如：床位超过400个、科室16个以上、有健全的医疗安全管理体制等等。

日本全国共有84家特定功能医院，多数为大学医学院体系下的附属医院，此类医院的医疗技术、设备和水平更先进，比较权威。。