酒店主要是为客人提供夜晚住宿的地方，而入住日本温泉疗养机构的客人却不仅仅是为了“住宿”这么简单。在日本，很多游客远道而来，就是为了在日本温泉疗养机构里享受温泉浴或是品尝正宗的多道餐点的晚餐。这类客房通常没有西式大床和地毯，取而代之的是草编地板和蒲团垫。客人进入玄关时或进入房间之前需要脱鞋。现代化的日本温泉疗养机构可能会在用餐区提供自助餐点，传统的日本温泉疗养机构则是在客房内提供日式料理。有些日本温泉疗养机构设有私人浴室，有些则配有公共浴室。